いろいろなゆで太郎店舗を利用されている方で、メニューが違うと思った方もいると思います。それは、運営会社の違いです。ゆで太郎を創業したのは信越食品、ゆで太郎をフランチャイズ展開しているのがゆで太郎システムです。

両社の創業者は元ほっかほっか亭のFCオーナー

これはWikiに書いてありますしゆで太郎システムのサイトにも書いてありますが、元々お二人ともほっかほっか亭のFCオーナーでした。信越食品の創業者水信春夫氏は、蕎麦職人→ほっかほっか亭FC（このころFCオーナーから本部へ引き抜かれた池田氏と会ったそうです）→信越食品創業（蕎麦店）→ゆで太郎創業（1994年）の経歴です（少し端折っていますし、ゆで太郎以外のビジネスもやっていたようです）

その後、池田氏がほっかほっか亭を退職後、水信氏を訪ね、最終的にゆで太郎のFC展開をするようになっています（かなり端折ってます）

ゆで太郎の歴史（ゆで太郎システムサイト）
Wikipedia

信越食品の特徴

定番メニュー多め

かけそば、きつねそば、かき揚げそば、天玉そば、カレーそば、肉そば、わかめそば、温玉とろろそば、もりそば、ざるそば、かつ丼、カレーライスなど立ち食い・セルフ蕎麦屋の定番が多い印象です。丼ものは前述の他に揚げ鶏親子丼や天（かき揚げ）とじ丼、ミニ丼はかき揚げ丼、カレー丼、豚丼、高菜ご飯、天丼（エビ天）のラインナップ。ご飯物が充実しています。単品メニューも、コロッケ、いなりなど定番が多いです。券売機になくても口頭で注文できるものもあります（海苔など）。朝はカレー丼セット、納豆ご飯セット（玉子付き）、高菜ご飯セット（玉子付き）、朝そば（きつね玉子そば）も時間限定で提供されています。また、店舗にりますがらーめんを提供している店舗もあります（東雲、豊洲　他）

揚げ物は揚げ置き

かき揚げ、エビ天、コロッケなどは基本揚げ置きですので、冷めていると思ってください。店舗により仕上がりも結構違うので店舗によって違いは出ると思います。しかし、揚げ置きが基本なので冷めても美味しく仕上がるように工夫はしていると思います。ちなみに、かき揚げは店舗や時間帯（揚げる人）によって結構違いますので、お好みじゃない場合もあるかもしれません。

基本は茹でたて

生麵を使用していて、基本は茹でたてですが、ピーク時間帯はゆで置きの場合もあります。茹で上がりから少々時間が経っていそうなものに当たることもまれにあります。
蕎麦のゆで加減もマニュアルはあると思いますが、人によって結構変わります。特にもりそばの場合は差が顕著で、（個人の好みもありますが）固すぎたり、少し茹ですぎ？と思うこともなくはないです。しかし、超絶美味いことも多々ありますし、ゆで加減が素晴らしい職人さんのシフトを覚えておけばほぼ間違いないです。冷たすぎたり固すぎたりするとそばの香りをあまり感じられないですが、上手な職人さんにあたるとそばの香りもほんのりと感じられ素晴らしいです。

個人的に茹でたての場合、信越食品のほうがゆで太郎システムより美味しいと思います。もちろんどちらも美味しいですし、釜担当の腕もありますし、好みもあると思いますので、皆さん自身の味覚で美味しいと思うものを食べればいいと思いますが、いろんな店舗を食べ比べしてみると結構違うので、マニュアルがあっても人間がやることはブレるのだなと思います。私は、人間のブレも楽しめばいいと思います。

昔ながらな立ち食いそばという雰囲気

ユニフォームが職人っぽいのと、従業員がやや高齢化している印象があり、また接客も昔ながらの立ち食いそばのような気もします。良い悪いということではなく、雰囲気が合う合わないはあるかもしれません。都内のみの出店でビジネス客が多いのもありスタイルを変えていないのだと思います。
私が良く行く店舗は、演歌の有線が流れているので富士そば感あります（笑）

信越食品のメニュー

ゆで太郎システムの特徴

グランドメニュー（特にそば単品）を売れ筋に絞り込んでいる

ゆで太郎システムは、売れないメニューはダメなメニューということで、きつねそばやカレーそば、いなり寿司はありません。また、結構変化球なメニューがグランドメニューになっています。

鴨南蛮（鴨がスライスではなく角切り）、肉茄子そば、薬味そば（揚げ茄子、茗荷、鰹節、海苔、ほうれん草などが乗った冷たいそば）あたりは他にあまりないメニューだと思います。

セットものはいろいろある

そば単品メニューは売れ筋に絞り込まれていますが、セットものは多いと思います。ミニ丼セットは定番のカレー、かつ丼、かき揚げ丼の他、のり弁（白身フライor唐揚げ）、薬味ネギ豚丼、月見芋（とろろ）丼、唐コロカレー、カツカレー、焼鯖炙りたらこご飯、フルサイズはかつ丼、薬味ネギ豚丼、カツカレーのセットとなっています（なんでフルサイズはカレーライス無いんだろう？）。

トッピングメニューが豊富

有料のトッピングと無料のトッピングがありますがとにかく豊富です。いろんな組み合わせで自分だけのオリジナルを開発しても面白いですね。
例えばかけそば＋かつ煮でかつ煮そばにしたり、かけそば＋焼きのり＋ワサビで花巻そばにしたり、ラー油やお酢やマヨネーズを駆使してまぜそばみたいにしてみたり（そばの香りがとか細かいこと言わない）、可能性無限大だと思います。あと、個人的に大好きなのがゆず粉です。温かいそばも冷たいそばもゆずの香りでさわやかになります。

中華そばもある

もともと津軽地方の天中華（中華そばにてんぷらを乗せたもの）をヒントにメニューを作ったそうで、最初はまさに天中華という商品名でかき揚げを乗せた中華そばを出していました。今は海苔とほうれん草とネギだけの中華そば、ざる中華（中華麺をそばつゆで食べる）になっていますが、もちろんトッピングでかき揚げを乗せても良いと思います。また、朝は同じものを「朝ら～」としてグランドメニューより90円安く出しているので、朝食べると少しお得です。

2005年の古い記事ですけど天中華について書いてあるブログを見つけました。

店内は明るく郊外店はファミリーでも使いやすい

ゆで太郎システムは、北海道から福岡まで店舗展開しており都心部だけでなく郊外型店舗も多くあります。郊外型店舗はテーブル席も多く家族で行ってもゆっくり食事ができると思います。店内は明るい店が多く、ユニフォームもポロシャツで職人感はあまりないと思います。比較的若い従業員が多いです。

有線放送で15分に1回（30分に1回かも？）オリジナルソングが流れます。

Ricky NIKITA4 というバンドが歌っています。

ゆで太郎システム　メニュー

Ricky NIKITA4 – 17LIVEライブ配信

どっちも好きです

ゆで太郎システムの西五反田二丁目店（現西五反田本店）を初めて利用したのがおそらく2007年だったと思いますが、その頃はゆで太郎が2系統あるとは知りませんでした。職場の引っ越し先（転職ではない）近くのゆで太郎が五反田と違うと気づき調べて2系統あるということを知りました。正直五反田のゆで太郎に慣れていたので、信越食品の店舗では最初違和感がありましたが、今は信越食品の店舗に毎朝行ってます。たまにゆで太郎システムの店舗に行くと懐かしさと、目新しさ両方あり、それはそれで楽しいので、今後も両社には頑張ってほしいなと思っています。

ゆで太郎システムの池田社長とは、Facebookでのつながりからリアルのオフ会などでもお会いする機会もありました（FBで全世界公開設定でゆで太郎ネタを投稿したら、急に友達申請来てビビりました）。最近はCovit-19だったり、子供が生まれて動きにくくなったりでなかなかお会いする機会がありませんが、引き続きFB上での交流は続いていますので、またリアルで再会できることを楽しみにしています。